理論基礎
玄醫一派以傷寒論為基礎，提倡著貴陽賤陰、扶陽抑陰的治療方針。在玄醫的學說中曾經有著這樣一段話“前有楊墨之道塞天下，孟子辟之；今有劉朱之徒以陰虛之說塞路，我自當學孟子以辟之。”這段出自《丹水子》的話一直被人們認為是玄醫學派否定後世方派的根據。但是就花輪壽彥的一些研究著作來看，玄醫的學說並非完全建立在否認曲直瀨流也就是後世派的學說，他的學說主要是構築在中國的「易水學派」和「錯簡重訂學派」的基礎上。雖然說有這之中也有《傷寒論》的成分存在。但《傷寒論》卻並非是這一派獨一無二的教本，就算是這一派沒有說明是否有受金元學說的影響，但是從現存的一些記錄來看，可以從中看出對他們影響極為深厚的是明清時代的中醫學說。
傳承與發展
作為請求進入名古屋玄醫門下學習卻為之所拒的後藤艮山並不是一個特別信奉張仲景的人。對他來說張仲景只不過是和“素靈，八十一難，張機，葛洪，巢原方，孫思邈、王燾等同被列舉了著作中的一人而已”。他的主張是在實踐之後再多用仲景方，同時他作為一氣留滯說的提倡者也被世人所熟知；此外的他還提出了“三因方面說”：即內所因，外所因，不內外所因的意義也被醫學界所認可。作為發病的決定因素是掌管生物的防衛機能、氣機引等東西。但作為治療法來說，食物療法、灸、熊、蕃椒、溫泉、懸瀑、順氣劑、民間療法等多方面都應該去嘗試。從這一點上來看艮山對葛洪的學說似乎有著相當的親近感。
艮山門人的香川修庵甚至走在他老師的前面對《傷寒論》的內容進行了批評，將三陰三陽的學說否定了。修庵是一名出色的學者，從他的著作『一本堂行余醫言』、『一本堂藥選』中我們可以得知他精通古典，從對古典著作的研究中他找到了盲目信奉前人的學說不如注重自己的研究成果的自信。而且他不相信以前的權威古典和先人，可以說是“自我作古”的典範。
艮山門人中的山脅東洋是在古方派中最信奉張仲景的人之一，而且是被認為使用古方最多的人。可是，他並不是只使用仲景方，從他努力重版的《外台秘要方》來看就知道他是一個視野寬廣的人物。而且東洋的目標是“根據古之道採用今之術”，因此對於他來說更重要的是張仲景的那種實證精神，在實踐中認識並利用古方。一七五四年東洋在細讀了外國的解剖書後，進行了日本最早的的人體解剖實驗，五年後的一七五九年，他寫就了有名的《藏志》一書，成為了當時解剖學的先驅人物。
特色學說
古方派人才中最具特色的莫過於提倡“萬病一毒說”而為世人所知的吉益東洞。東洞他認為疾病是因為後天生成的病毒侵入人體而造成的，毒的種類也只有一種。毒的發生就會造成人生病，這就是萬病所發生的原因。而毒所在的部位會表現出異常的病態，以上的學說對於東洞先生來說是深入骨髓的，而且為了明確在體記憶體在的毒的所在部位要在以前的診斷法之外再使用腹診法。長年累月，他的腹診法水平也達到了當時的頂點。後來東洞又將《傷寒論》脫胎換骨並將其處方分門別類的寫成了《類聚方》一書，同時在認識了各種生藥構成成分的基礎上寫就了《藥征》一書。雖然提出了萬病一毒之說，可是這之中卻存在著很大的漏洞。首先，產生疾病的原因千差萬別，怎么可能只是“一毒”引起的。再則，他所謂的實證親試，又近乎於頭痛醫頭、腳痛醫腳，這樣一來就再一次倒退回了《內經》前的經驗醫學的範圍中。
總結
古方派的人們並不都把古方作為金科玉律。對他們來說即使是相同的事，也存在著很大程度的差異——例如：對金元流的病埋論、藥理論進行批判等事情都可以看出。另一方面，對張仲景方面給予了充分敬意的人也在被稱作為後世派的人們中對金元流的煩瑣的理論不再深入研究；重視經驗，口訣之類的人也變的少了起來。隨後又產生了批判把親試實驗作為古方派招牌是錯誤的想法。古方派，後世方派，以及後來的蘭醫學不斷的重複著對立與調和。其間的種種成果，直到幕未還在為人們所研究。
